Le RéPIA est constitué de 5 missions nationales de surveillance et de prévention, pilotées par Santé Publique France.
Mission d'Appui Transversal à la prévention des Infections associées aux Soins.Cette mission est portée par le CPias Nouvelle-Aquitaine et le CPias Guadeloupe.
Surveillance et Prévention de l’Antibiorésistance en Etablissements de Santé.Cette mission est portée par le CPias Grand Est, le CRAtb Grand Est, le CPias Nouvelle-Aquitaine et le CRAtb PACA.
Surveillance et Prévention des Infections Associées aux Dispositifs Invasifs.Cette mission est portée par le CPias Centre Val-de-Loire.
Surveillance et Prévention du risque Infectieux en Chirurgie et Médecine Interventionnelle.Cette mission est portée par le CPias Ile de France.